دانلود نرم افزار freesurfer به همراه آموزش
نرم افزار freesurfer یک نرم افزار متن باز برای آنالیز تصاویر mri مغز است.این نرم افزار در محیط لینوکس و مک قابل ران و استفاده است.
Table of Contents
معرفی freesurfer
Freesurf یک ابزار برای تجزیه و تحلیل تصاویر مغز است. این نرم افزار شامل ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل مبتنی بر حجم و سطح است. Freesurf شامل ابزارهایی برای بازسازی مدل های توپولوژیکی درست و هندسی است.
دانلود freesurfer
برای دانلود نرم افزار freesurfer وارد لینک زیر می شویم.
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads
این نرم افزار را می توان روی MAC و لینوکس و ویندوز( به صورت ماشین مجازی که معادل با لینوکس است) اجرا کرد. فایل دانلود آن حدود 5 گیگ حجم دارد.
نصب در اوبونتو
برای نصب freesurfer در محیط اوبونتو باید مراحل زیر را گام به گام دنبال کنیم.
1) دانلود فایل و انتقال به محیط لینوکس
2) اکسترکت کردن فایل
3) تعریف یک متغیر به نام FREESURFER_HOME
این متغیر مسیر اکسترکت شده freesurfer را نشان می دهد.
4) در درون یک فایل به نام SetUpFreeSurfer.sh وجود دارد. با استفاده از دستور source محتویات آن را اجرا می کنیم.
بعد از اجرای موفق متغییری روی ترمینال نشان می دهد.
-------- freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.2.0-20210720-aa8f76b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /home/tester/freesurfer
FSFAST_HOME /home/tester/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /home/tester/freesurfer/subjects
MNI_DIR /home/tester/freesurfer/mni
در صورتی که این متغیر ها به درستی نشان داده شد، به این معنی است که نصب با موفقیت صورت گرفته است.
5) باز کردن freeview : برای پیدا کردن و باز کردن ابزار freeview دستور which freeview در ترمینال تایپ می کنیم. بعد از این دستور مسیر قرار گرفتن freeview نمایش داده می شود.
6) باز کردن freeview : برای باز کردن freeview اسم آن را در مسیری که قرار دارد تایپ می کنیم و ابزار باز می شود.
$ cd $HOME
$ pwd
/home/tester
$ tar -zxpf freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.2.0.tar.gz
$ cd freesurfer
$ pwd
/home/tester/freesurfer
$ export FREESURFER_HOME=$HOME/freesurfer
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
-------- freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.2.0-20210720-aa8f76b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /home/tester/freesurfer
FSFAST_HOME /home/tester/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /home/tester/freesurfer/subjects
MNI_DIR /home/tester/freesurfer/mni
$ which freeview
/home/tester/freesurfer/bin/freeview
فعالسازی و درخواست لایسنس
بعد از نصب نرم افزار باید لایسنس آن را تهیه کنید. برای تهیه لایسنس به سایت آن مراجعه می کنید و درخواست ارسال می کنید. فایل لایسنس برای شما ایمیل می شود. این فایل به صورت یک فایل متنی است که باید درون پوشه freesurfer قرار گیرد.
باز کردن freeview
باز کردن freeview : برای باز کردن freeview اسم آن را در مسیری که قرار دارد تایپ می کنیم و ابزار باز می شود.